O município de Alto do Rodrigues teve sua origem numa fazenda de gado pertencente ao capitão Rodrigues Ferreira, chefe político que exercia a sua influência em Macau, nos fins do século XIX.
Em torno da fazenda foram-se aglomerando lavradores, que plantavam algodão, colhiam cera de carnaúba e exploravam culturas de subsistência. A localidade teve um lento desenvolvimento, e, somente a partir de 1942, com a construção de uma escola, é que passou a ser considerada povoado do município de Pendências.
O topônimo deve-se ao fato da casa grande da fazenda do capitão Rodrigues situar-se numa elevação do terreno, à margem direita do Rio Açu, que os moradores passaram a chamar o Alto Rodrigues.